Notre histoire commence quelques années après le dernier épisode, en période de paix et une parade est organisée en l’honneur de Ratchet. Cette parade est constituée de plusieurs tableaux volants retraçant les aventures de Ratchet, avec à la clé un cadeau de la part de Clank. Cependant, rien ne se passe jamais comme prévu, Le docteur Nefarious fait irruption pour mettre la pagaille et s’emparer du cadeau de Clank : un Dimensionnator. A la base créée pour que Ratchet puisse retrouver ses semblables Lombax, Nefarious détraque l’appareil et perturbe le flux entre les dimensions. C’est donc dans une aventure pour réparer le tissu dimensionnel et sauver les mondes que vont s’engager, non seulement Ratchet et Clank, mais aussi Rivet, Lombax d’un monde parallèle, membre de la résistance contre l’empereur Nefarious, alter ego du Docteur qui a réussi à conquérir sa dimension.