L’histoire de YS IX: Montrum Nox se passe dans la ville de Balduq, une cité prison. Adol, le protagoniste va en faire l’expérience dès le début du jeu, en effet, à peine arrivé à l’entrée de la ville, l’agitation fait rage devant le portail. Une agitation politique règne et Adol finit par se faire arrêter pour son passé alors qu’il se trouvait avec Dogi, son compagnon de voyage. En s’échappant de prison, Adol va prendre une balle magique de la part d’Aprilis, une mystérieuse étrangère qui va lui donner des pouvoirs et une forme magique: le Monstrum.
Mais rien n’est jamais sans contrepartie, et Adol se retrouve donc affublé d’une malédiction: il ne peux pas quitter la ville et à intervalle régulier, il doit affronter des monstres, les Larvas, dans un monde parallèle appelé la nuit de Grimwald.
Ainsi, vous aller enquêter sur votre état, sur les mystère de la ville et de la prison en tentant d’échapper aux autorités qui recherche d’un côté le fugitif Adol Cristin et de l’autre les Monstrums.